آقای امیر حسینزادگان، مؤسس انتشارات ققنوس کارش را در حوزه نشر از سال ١٣٥٠، در یکی از محلات جنوبغربی تهران، مهرآباد جنوبی، و با راهاندازی کتابفروشی "امیر" شروع کرد. کتابفروشی، چهار سال بعد، به بازار بینالحرمین تهران منتقل شد. البته، آن وقت دیگر کتابفروشی به انتشارات تبدیل شده بود: انتشارات "امیر". بعد از دو سال فعالیت در بازار، در اوایل سال ١٣٥٦ انتشارات "امیر" به انتشارات "ققنوس" تغییر نام داد.
اولین کتابهایی که انتشارات ققنوس منتشر کرد عبارتند از: توراندخت، اثر برتولت برشت و با ترجمه زندهیاد رضا کرمرضایی؛ منظومهخاک، سروده محمدعلی سپانلو و شازده احتجاب، اثر زندهیاد هوشنگ گلشیری.
انتشارات ققنوس در نیمه دوم سال ١٣٥٧ دستبهکار انتشار آثاری شد که هر یک به طریقی در روند تکاپوهای اجتماعی آن روزگار مؤثر و نقشآفرین بودند. این کتابها، که در روزهای سلطه ساواک و تسلط پهلوی امکان نشر نداشتند، اصطلاحاً «جلد سفید» نامیده میشدند. گذشته چراغ راه آینده است، از جامی؛ بچههای دیروز که به میدان آمدهاید به میدان آمدنتان مبارک باد، از مرتضی رضوان؛ پیشاهنگ و توده، از بیژن جزنی؛ مصاحبه اوریانا فالاچی با شاه و..
از آن روزگار تاکنون، ققنوس بیش از هزار عنوان کتاب در حوزههای گوناگونی چون ادبیات، داستان، تاریخ، فلسفه، روانشناسی و... منتشر کرده است.
گرچه کشورِ ما عضو کنوانسیون برن نیست و، به تبع آن، ناشران ایرانی ملزم به رعایت قوانین کپیرایت نیستند، انتشارات ققنوس از سال ١٣٨٠ تا به حال کوشیده است، حتیالامکان و به طور داوطلبانه، آثار نویسندگان خارجی را با کسب رضایت و مجوز ایشان یا ناشران آثارشان منتشر کند.
انتشارات ققنوس در سال ١٣٨٠، در میانه سومین دهه فعالیتش، ناشر برگزیده وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی شد. این افتخار، به نحوی دیگر، در دوازدهمین و چهاردهمین نمایشگاه بینالمللی کتاب تهران تکرار و ققنوس به عنوان ناشر برگزیده این دو دوره انتخاب شد.
علاوه بر نشر ققنوس و پخش ققنوس، توسعه فعالیتهای مجموعه ققنوس به تأسیس دو انتشارات دیگر منجر شده است: انتشارات آفرینگان، به مدیریت زهره حسینزادگان، که اختصاصاً آثار کودک و نوجوان را منتشر میکند و انتشارات هیلا، به مدیریت محمد (هادی) حسینزادگان، که در زمینه انتشار آثار ادبی، رمان و داستان کوتاه، فعالیت دارد.