داستان از آنجا شروع میشود که، دنیای سوفی با دریافت نامهای عجیب و جذاب زیر و رو میشود. نامهای که پر از محتوا و مفهوم بود اما تنها در دو کلمه «تو کیستی» خلاصه میشود! بله درست است متن تمام نامه همین دو کلمه بود و همین کافی بود تا ذهن سوفی را به اندازه چند برابر سؤالهایی که داشت مشغول خود کند.
اما داستان این نامهها به همین راحتی تمام نشد چرا که مدتی بعد سوفی نامهای طولانی تر از قبلی دریافت کرد با مضمون: جهان چگونه به وجود آمد!
معمای این نامههای مرموز سرانجام با لو رفتن نام ارسال کننده نامه حل شد. آلبرتو کناکس شخصی است که این نامهها را برای سوفی ارسال میکرد و قصدش از این کار تدریس فلسفه به سوفی 15 ساله بود!
در ادامه داستان، نامهها کم کم از حالت چند کلمهای خارج شده و سوفی را برای پیدا کردن جواب مناسب دو سؤالی که از او پرسیده شده کمک میکند. در این بین مخاطب کمکم با نظریههای فیلسوفان مختلف دنیا آشنا میشود. چرا که هدف نویسنده بیان ساده فلسفه در قالب داستانی است که برای مخاطب قابل فهم باشد.