آیزاک در کنار مطالعاتش در مورد اُپتیک که نامش را در لندن به شهرت رساند، هر طور که بود، در کمبریج برای سروکله زدن با کیمیاگری هم وقت پیدا میکرد. او و دوستش، ویکینز، در سال ۱۶۷۳ به اقامتگاه بزرگتری نقل مکان کردند، که یک انبار چوبی هم داشت. چیزی نگذشت که آیزاک این انبار را با کلی لوازم و ابزارها و ظروف اسرارآمیز پر کرد. عاقبت، زمانی که تصمیم گرفت مطالعه علوم و ریاضیات را کنار بگذارد، تمام وقتش را به آزمایشهای عجیب و غریبِ کیمیاگری اختصاص داد.
برای مدتی، همه فکر و ذکر آیزاک به کیمیاگری جلب شد. البته، نمیتوان او را به این خاطر سرزنش کرد. بعد از آن همه کُشتی گرفتن با انبوهی از اعداد و ارقام و معادلات و محاسبات، این تغییر رویه تنوع خوبی به حساب میآمد. او هم با آیزاک بارو همعقیده شده بود که گفته بود: «گمانهزنیهای ریاضی تا حدودی خشک و کسالتبارند.»
آیزاک در آن انبار بیش از صد جلد کتاب در مورد کیمیاگری جمع کرد. اما خودش هم مطالب زیادی در این مورد نوشت. او اگر میخواست نوشتههایش در این مورد را چاپ کند، حجمشان ۴۰ برابر کتابی میشد که حالا در دست دارید.
اما نکته مثبت کیمیاگری آن بود که آیزاک را برای پرداختن به آزمایشهای علمی آماده نگه داشت، و کاری کرد که ذهن او همچنان فعال بماند و بهطور مداوم و از زوایای مختلف و با روشهای متنوع به حل مسائل فکر کند. برای ما خیلی سخت است که تصور کنیم وقتی او در میان آن ظرفهای جوشان، انواع بلورهای تازه، مایعات ناشناخته، و بوهای متنوع کار میکرده، در مغزش چه میگذشته است. حتی بعضی از مورخان علمی گفتهاند که شاید نظریه گرانش در حین همان آزمایشهای عجیب و غریب به ذهنش خطور کرده، و او داستان سقوط سیب بر فرق سرش را محض خنده از خودش ابداع کرده است.