در سال ۱۲۸۸ هجری شمسی (۱۳۲۸ق) در روستای شهیدیه (شورک) میبد، در خانوادهای اصیل و مذهبی دیده به جهان گشود.
پدرش مرحوم حاج ملاعباس از افراد متدین و با نفوذ منطقه و موصوف به تقوا و مشهور به فضل بود. جد پدری وی، مرحوم حاج آقا محمد نیز از نیکان میبد بود و عمر خویش را صرف مبارزه با خوانین و رفع ظلم آنان کرد و عاقبت به جرم دفاع از حقوق اهالی، با اشاره خوانین به طرز فجیعی به دست اشرار محلی به شهادت رسید.
جد مادری وی نیز، مرحوم حاج شیخ علی فرزند مرحوم آیتالله ملاابوطالب شورکی از مجتهدان برجسته میبد بود.
محمد ابراهیم، قرآن را در کودکی و نزد جد مادری خود فرا گرفت و پس از آن در ۷ سالگی در مدرسه تازه تاسیس فیروزآباد به تحصیلات ابتدائی پرداخت. سپس در ۱۲سالگی به حوزه علمیه یزد عزیمت و تا ۱۵ سالگی در مدرسههای «خان» و «مصلی» به فراگیری مقدمات پرداخت. آنگاه برای تکمیل مقدمات و فراگیری سطح، به حوزه علمیه مشهد هجرت و در مدرسه «نواب» ساکن شد. ادبیات و سطح را نزد آیتالله سید میرزای جندقی (علم الهدی) و آیتالله میرزا حبیب گلپایگانی فرا گرفت. سپس به شوق تلمذ از محضر آیتالله حاج شیخ عبدالکریم حائری مهرجردی، برای فراگیری سطوح عالی و دروس خارج، راهی شهر مقدس قم شد. وی علاوه بر شرکت در درس حاج شیخ عبدالکریم حائری در درس حضرات آیات عظام صدر؛ نجفی مرعشی، سیدمحمد تقی خوانساری، شیخ محمدعلی قمی، فاضل قفقازی، سید صدرالدین صدر و شیخ عباسعلی شاهرودی حضور پیداکرد.
در همان ایام، وزارت فرهنگ و هنر، مدرک لیسانس به او داد و علیرغم اصرار برخی افراد برای کشاندن وی به ادارات دولتی، آن مرحوم لحظهای حوزه را ترک نکرد و در سن ۳۲سالگی با اصرار اهالی میبد و برای امتثال امر والدین به میبد مراجعت کرد و به هدایت و یاری مردم و تعلیم و تربیت طلاب مستعد و مبارزه با خوانین منطقه پرداخت.
وی پس از رحلت آیتالله حکیم رسماً امام خمینی(ره) را به عنوان تنها مرجع تقلید معرفی نمود و با شروع انقلاب اسلامی ایران، همراه با آیتالله صدوقی و آیتالله خاتمی به رهبری مبارزات مردم استان یزد پرداخت. در سالهای انقلاب و نهضت اسلامی خانه ایشان مأمن مبارزان و روحانیون انقلابی بود و از آنجا راهپیماییهای قبل از انقلاب آغاز میشد و ایشان همیشه در صف مقدم تظاهرات حرکت میکردند.