بهر تقدیر، دوران اختلاط پر نوسان شئلر با کاتولیسم دیری نپائید و او از سالهای ۱۹۲۳ و ۱۹۲۴ به بعد (تا ۱۹۲۶) تدریجا شروع به دور و سپس جدا شدن از کاتولیسم نمود و حتی به لحاظاتی در تغایر اصولی با مبانی اساسی دیانت مسیحیت قرار گرفت و به همین علت نیز تدریجا از شهر کلن و از دانشگاه آن، که در آنزمان محل تجلّی کاتولیسم عمیقی بود، روی برگرداند و سرانجام بسال ۱۹۲۸ برای تدریس به دانشگاه فرانکفورت رفت.
علت جدا شدن شئلر را از دیانت مسیحیت (و بخصوص از کاتولیسم) میتوان در شرح زیر منحصر و مختصر ساخت:
اولاً، شئلر با استنباطات عرفانی خاص خود، که بی ارتباط با تفکراتِ دوست صمیمی او، اندیشمند متأله معروف مسیحی استاد گُواردینی،(۴۲)پیرامون «سرّالسّر» بودن الهیت، نبود، موضوع خداوند را پیچیدهتر و سیالتر و غیر شخصیتر از آن میانگاشت، که در دیانت مسیحیت (و در سایر ادیان ابراهیمی) تصّور و ترسیم شده است!
ثانیا، شئلر علیالاصول اعتقاداتِ اخلاقی و دینیِ کاتولیکی مسیحیتی را درباره رابطه بین خداوند و انسان زیاده از حد ساده انگارانه و خوش بینانه تلقی مینمود.