از دیر باز در حوزه، عالمان دین بر اساس مسئولیتی که احساس میکردند، در فراگیری و ارزیابی اندیشههای نو کوتاهی نمیکردند. آنان همانگونه که از آموزگاران معصوم خود آموخته بودند، ناآشنایی با دانشهایی چون هیئت و تشریح را سبب کوردلی نسبت به خداوند هستی دانسته و دانشهای تجربی را غیردینی نمیشمردند و بهطور کلی در فلسفه علم، روششناسی و اخلاق حاکم بر مجامع علمی، از این اصول پیروی میکردند.
عموم دانشوران شیعی برحسب آنچه از پیشوایان معصوم خود آموخته بودند، از آموزش علوم زیانبخش یا بیثمر، پرهیز میکردند و در مقابل به دانشهای سودمند جنبه دینی میدادند و آنها را اسلامی میخواندند. مقصود آنان از اسلامی خواندن یک دانشْ آزادسازی آن از بند پندارهای اساطیری از یک سو و جلوگیری از اِعمال فلسفههای غیردینی و جهتگیری مادهگرا از سوی دیگر بود. آنان رسوخ مفاهیم و باورهای ماتریالیستی در اندیشههای علمی را عملی غیراسلامی میانگاشتند.
در فلسفه علم مورد اذعان فرهیختگان برجسته شیعه، علوم طبیعی با وحی و علوم دینی رابطه مستقیم دارد. رسیدن به حقیقت، با عبور از ظاهر امور به باطن آن میسّر است و با چنین نگرشی انسان میتواند از مطالعه پدیدههای مادی به ذات و کُنه آنها پی ببرد. در نتیجه، امور صرفاً خارجی و ظاهری، به جهانی از تمثیلات عالَم باطن و غیب تبدیل میشوند. بر این اساس، طبیعت نه فقط حاجِب عالم غیب نیست، بلکه آنرا در خود بازمیتاباند؛ همه چیز آیهای از فوق طبیعت و آینه و نشانه آن میشود. مطالعه اندیشههای دانشوران شیعی، مانند جابربن حیان شاگرد نامدار مکتب امام صادق (ع) بهخوبی نشان میدهد که آنها مطالعه طبیعت را مانع رسیدن به حقیقت نمیدانستند.