کتاب ماجراهای شگفتانگیز نیلس، داستان پسری ۱۴ ساله به نام نیلس را به تصویر میکشد که بسیار تنبل و بیاعتنا به اطرافیانش است و از آزار دادن حیوانات مزرعهشان لذت میبرد.
یک روز زمانی که خانواده او به کلیسا رفته بودند و او در خانه تنها بود تا قسمتهایی از انجیل را حفظ کند توسط تور یک تومته را گرفت. تومته از نیلس خواهش کرد تا او آزاد کند و در قبالش یک سکه بزرگ طلا بگیرد اما نیلس این پیشنهاد را نپذیرفت. تومته نیز او را تبدیل به یک تومته کرد که باعث شد نیلز کوچک شود و بتواند با حیوانات صحبت کند.
حیواناتی که نیلس آنها را آزار داده بود، از دستش عصبانی بودند و از اینکه او اندازهٔ آنها شده خوشحال بودند. آنها خود را آماده کرده بودند تا انتقام روزهایی که نیلس آزارشان میداد را بگیرند.
زمانی که این اتفاقها پیش آمده بود، گروهی از غازهای وحشی برای کوچ کردن در حال پرواز بر آسمان مزرعه خانوادهٔ نیلز بودند که در همین لحظه یکی از غازهای مزرعه که مورتن نام داشت، سعی میکرد به غازهای وحشی ملحق شود.
نیلس از این موضوع استفاده کرد و بلافاصله تصمیم گرفت با دوست جدیدش که همستری به نام کاروت بود، پشت مورتن بپرد و از این طریق از مزرعه فرار کند و به گروه غازهای وحشی که برای تابستان در حال کوچ به سمت لپلند بودند، بپیوندد.
غازهای وحشی از اینکه یک پسر و یک غاز اهلی با آنها همسفر شوند خوشحال نبودند اما در نهایت آنها را پذیرفتند. نیلس در این سفر با حوادث بسیار و شخصیتهای گوناگونی مواجه شد و آموخت که موظف است به دیگران کمک کند و خودبین نباشد.