از زمانی که کشت پنبه در ایران به طور رسمی شروع گردید، تولید و تجارت آن در انحصار دولت قرار داشت و این تصدیگری از سال ۱۳۰۲ تا ۱۳۲۴ ادامه یافت. با لغو انحصار پنبه، نظارت بر امور کارخانجات پنبه پاککنی و تهیه و توزیع بذر مرغوب به عهده شرکت اصلاح و توسعه کشت پنبه، وابسته به سازمان برنامه و بودجه و همچنین امور تحقیقات به مرکز اصلاح نباتات ورامین وابسته به وزارت کشاورزی واگذار گردید. این مرکز ضمن انجام آزمایشات زراعی به تهیه بذر مرغوب نیز دست زد. این وضع تا سال ۱۳۳۵ ادامه داشت تا اینکه با تأسیس سازمان پنبه ایران در سال ۱۳۳۵، نظارت بر تصفیه کارخانجات پنبه پاککنی، انجام رقمبندی پنبه و کنترل صادرات در گمرکات کشور به عهده این سازمان محول گردید و با اجرای طرح افزایش تولید و بهبود کیفیت پنبه از سال ۱۳۴۵، تهیه و توزیع بذر گواهی شده و مرغوب توسط طرح مذکور صورت گرفت و امور مربوط به تحقیقات و آزمایشات زراعی همچنان به عهده مرکز اصلاح نباتات ورامین بوده و با تأسیس مؤسسه اصلاح و تهیه نهال و بذر و ایجاد بخش تحقیقات پنبه در این مؤسسه در شهرستان ورامین، امور تحقیقات و آزمایشات زراعی پنبه به این بخش واگذار شد. این وضع تا سال ۱۳۷۵ همچنان ادامه داشت و در این مدت سه رقم بذر پنبه بنامهای ساحل، ورامین و آکالا (بختگان) برای کشت در مناطق مختلف پنبهکاری کشور معرفی گردیدند. با تشکیل مؤسسه تحقیقات پنبه کشور، فعالیت در زمینه تحقیقات پنبه بهویژه ایجاد و معرفی ارقام جدید بیشتر شد و همچنین تولید و توزیع بذر گواهی شده از تصدیگری دولت (اداره کل پنبه و دانههای روغنی) خارج و به بخش خصوصی واگذار گردید. همزمان با این تحول، مؤسسه تحقیقات پنبه ارقام جدیدی را برای تنوع بخشیدن به بذور مورد کشت که سالیان نسبتاً طولانی مزارع پنبه کشور را پوشش میدادند، معرفی نمود و امر تکثیر را با دریافت حق رویالتی (Royalty) (حق امتیاز ایجاد رقم) به بخش خصوصی واگذار کرد. به این ترتیب در حال حاضر امر تکثیر و تولید بذر گواهی شده از مرحله نوکلئوس ۲ به بخش خصوصی محول و تصدیگری دولت در تهیه و توزیع بذر پنبه گواهی شده بعد از قریب ۷۰ سال خاتمه یافت.